Vigilante evreni, geniş bir çoklu evreni kapsar. Bu evrenler, “Sacred Domain” olarak adlandırılan sayısız cep evrenden oluşur. Roman, birden fazla karakterin bakış açısıyla yazılmıştır. Her bölüm, o bölümün başında adı geçen karakterin bakış açısıyla anlatılır. Doğumundan çok sonra Cistern adlı Sacred Domain'e getirilen Akihiro Atlas, dizinin ana karakteridir. O, insanlığın kahramanı olmak için pek çok nedeni olan biridir. Hayatını yeni yuvası olan Cistern'e adamıştır ve orada kurduğu ilişkiler temelinde karşılaştığı herkesi korumak istemektedir. Cistern'deki hayatına Takım'ın bir üyesi olarak başlamış ve Vigilante serisinin başlangıcında Takım 2'nin General seviyesine ulaşarak devam etmektedir. Serinin başında Akihiro, üç yıl sürecek bir görev için gerçek dünyaya gönderilir. Bu nedenle Cistern'de değildir. Hikayenin ilk bölümleri, seride öne çıkan diğer karakterler olan Kuren Y ve Kazami'nin bakış açısıyla anlatılır. Evren, çok geniş bir hiyerarşik sisteme sahiptir. En üst katmanlarda Baş Tanrı, Dış Tanrılar, Tanrılar, Yüce Krallar/Kraliçeler, Krallar/Kraliçeler gibi düzinelerce varlık bulunur ve birçok farklı ırkı kapsar. Akihiro'nun yolculuğunu ve bu inanılmaz derecede geniş evrende yaşadığı acıları anlatır.
